金丹一粒重一斤，世人知得永长生。
筑基扫尽尘间事，炼己只是养元神。
黄庭土釜先天汞，万虑皆空绝世情。
离了己身不是道，执着己身也是空。
我今泄漏天机理，说与学道诸英雄。
目前现有长生路，千万凡夫迷本宗。
扫尽灵台无一念，身闲清静运玄功。
--张三丰词《金丹歌》
洪武三十一年（公元1398年）春。应天府皇宫内，谨身殿。
大明天子朱元璋闭目半躺在谨身殿的御榻上，一条上面绣有飞龙图案，厚厚的绸缎黄被褥盖到了他脖子以下的全身，显得有些雍肿而又空荡荡地。几名贴身的太监和小黄门在不远处的四周垂手而立，丝毫都不敢挪动一下脚步，生恐弄出声响惊忧了正在熟睡中的皇上。
谨身殿外此时却是一片春光明媚，阳光毫无忌讳地从宫殿的屋檐下、从大殿四处的窗格缝中、十分调皮地溜了进来，有一缕照在了朱元璋日见苍老的脸上，岁月无情，时光如剑，此时的大明开国皇帝已是七十岁的古稀老人了，当年叱咤风云、英气勃勃的模样早已不见了踪影。此时他实际上并没有睡着，而是在漫无边际地回忆过去的岁月，一会儿是在濠州的日子、一会儿是在凤阳老家，眼前走马灯似地不断闪现着马皇后、张三丰、太子朱标等等许多人的面孔和往事，但想的最多的恐怕是刘伯温“猜烧饼”的往事，以及朱允炆那副仁厚的样子，眼下最让他不放心的就是他这个将来要接替他大明皇位的长孙，当然也包括他创建的大明江山。
每每想起这些事情，让朱元璋根本就无法定得下神来。朱允炆的父亲朱标乃是明朝皇太子，朱元璋亲自钦定的接班人。可惜的是贵为皇太子的朱标，尽管他生活在尊贵的优裕之中，他一出生就具备了继承其父皇位的资格，并被朱元璋寄于极大厚望。然而，往往希望有多大，失望就有多大。虽然望子愈切，责之愈严，朱标从小就被朱元璋严厉管教，尤是被立为太子后，身边围着众多的名儒和正人君子对他轮番训导和规劝，一言一行皆被严格要求按礼法从事，直至长大后还一如既往地生活在父子的阴影之下，朱标在漫长而无奈的等待和不安中生活，无一点常人之性情和天伦之乐，感到十分地压抑，在多重因素的折磨下，身心交瘁的朱标终于在尚未来得及登上他孜孜以盼，且理应属于他的皇帝宝座之前，就撤手人间过早地先于父亲而去。
朱元璋自是悲恸不已，没料想花了大量心血培养的未来储君，才37岁的壮年就突然去世，让他极为伤感痛心，实在是失望之极。四个月后，爱屋及乌的朱元璋终下决心，确立朱标的长子朱允炆为皇太孙，准备让他将来继承大统。前面书中提到过，这朱充纹乃天上文曲星下凡，从小聪明机智，酷爱阅书作文，凡他看过的书本几乎能过目不忘，而且他心地宽厚大度，在他年纪尚小之时，隐隐之间已经透出一股帝王的气概。然而可惜的是，他最大的缺点就是个性善良懦弱，遇事优柔寡断，没有一种作为皇帝在政治上必须具备的坚决果断和心狠手辣。这就叫做有天子气质却无帝王手段。朱元璋也看到了孙子的这一致命的弱点。所以，事先弹精竭虑地为朱允炆尽可能地安排好一切。
真人张三丰曾对朱元璋曰：“太乙初分何处寻，空留历数变人心。九天日月移朝暮，万里山川是古今。”说的是自从太极分了两仪，两仪分了四象五行。为生化之胎，在天有了阴阳，在人有了善恶，在世有了治乱，在物有了胎卵湿化。原本混沌的世界，人们是蠢蠢痴痴，和鱼鸟草虫一般，无忧无愁，不知不知，随生而化，何等快乐。到了尧舜禹汤，渐开了文明，有了文字礼乐，反生出许多是非和人心机巧来。因此有了夏桀、商纣无道之君，生出刀兵征伐与残杀。“空留历数变人心。”山还是那山，星星还是那星星，月亮还是那月亮，山川日月至今不改，只有这人心改变了，一日坏似一日，世事一朝不及一朝。那圣贤古道，淳厚风俗，江河日下，人心不古。为了利欲贪毒不尽，争个你死我活。
就似眼下的大明朝，自从皇太子朱标死后，围绕着将来谁是储君的明争暗斗始终就非常激烈，宫中诸王谁都在虎视眈眈，欲谋此位。原先，朱元璋原本也曾有想过在儿子们当中选一个当太子，在他的24个儿子中，尤是喜欢第四个儿子燕王朱棣。他从小就表现出聪明机警，智勇双全。朱棣不仅身材魁梧、相貌奇伟，有君临天下之威仪，而且胆略过人，刚强不屈、为人深沉，铁骨铮铮，酷似自己的性格作风。朱元璋本想立他为太子。但朱棣由于是庶出，于礼不合，且其上还有第二子和第三子，若是立了他，如何向二子、三子交代呢？当朱元璋对几个心腹大臣流露出想立燕王为储君的意思时，翰林学士刘三吾等人便立即表示反对，他们指出：“立燕王，那置秦、晋王于何地？且皇长孙朱允炆仁厚大度，四海归心，皇上无忧矣。”
大臣们的话不无道理，这让朱元璋犹豫不决了许久。最后，一者出于对太子朱标的感情，二者朱元璋一向信守儒家的伦理道德传统，坚持立嫡长的原则，于是他还是决定立朱允炆为皇太孙，成为大明帝位的继承人。
然而这个决定同样还是在朝中引起轩然大波，首先表示最大不满的是一直在觊觎皇位的燕王朱棣，他本以为自己是大明王朝的最佳人选，理所当然，非他莫属。当知道了父亲的这个决定后，不由得大失所望，仰天长叹，哀怨满腹，却又无可奈何。但也从此埋下了日后谋反的祸根。
这一年，被立为皇太孙的朱允炆刚年满十岁。朱元璋尽一切可能为朱允炆登基做好准备。有一次在四下里无人时，朱元璋对孙子言道：“现今我己尽可能为你安排好一切，朝中有忠心耿耿的老臣辅佐你，边关上有你的叔叔们在镇守把关，内廷无忧，外犯无虑，将来你尽可放心在朝中作一个太平天子就行。如若边关有事，叔叔他们会尽力帮你应付。但朝中之事你却要用心勤政才是。”说着朱元璋言犹未尽，指着地上一根长满了芒刺的木棒说道：“你给我把它拾起来。”
朱允炆有些犹豫道：“皇爷爷！这木棒浑身都是刺，孙儿拾不起来，若拾起它岂不是满手刺出血来。”
朱元璋开心地大笑道：“你知木棒浑身是刺不好拾就好，我现在所做的许多事就是把朝廷中的毒刺与你除去，将来你才能顺利登上帝位，才可高枕无忧啊。”
朱允炆年纪虽小，但心里知道皇爷爷为他将来登基当皇帝，真是苦心处虑，尽可能打好了一切基础，自然是心存感激。但他却又低着头沉默了许久不说话。朱元璋见孙子默不吭声，便问道：“难道你还有什么顾虑么？”
小小年纪的朱允炆抬起头，突然发话道：“如若叔叔们对我存有异心，祸起萧墙于朝廷之中，又有谁来帮我对付呢？而我又该如何处置呢？”
孙子朱允炆的这一句话，大大出乎于朱元璋的意料之外，他当时听了也不由为之一怔，竟至沉默了许久后，才反问道：“那你说如果发生了这种事要怎么办？”
朱允炆望着朱元璋，想了想应道：“那我也只能用仁德去感动他们，毕竟他们是我的长辈，孙儿我不愿意看到血肉之间有兵戈相向的事发生。”
朱元璋听了此言，略为点了点头，但又不无担心地道：“若能如此最好！但如若不起作用又如何？你就没有其它办法去阻止这种事发生么？”
朱允纹抬起头看着朱元璋，轻叹了口气道：“我的皇爷爷！纵观前朝历代之中，发生这种事是难免的，要发生时就会发生。至于说办法么？怎地会没有，比如说未雨绸缪，早防范于未然，削夺他们的封地和军队，如若确有必要，还可师出有名，举兵征伐也。但这毕竟是无奈之举啊。”
朱元璋倒没料到孙子小小年纪，竟有如此的知识和智慧，所言所思让人佩服不止。但他听了后心事又起，只是默然地点了点头又摇摇头，长叹了一声，什么话也都没再说。不知朱元璋今日被孙子这么一说，心中是何想法？是否已经预见到在他百年之后，他的子孙之间因为皇位争夺，必将有一场血腥的厮杀？但至少今天在和孙子的谈话中，他隐隐约约地产生了这个不祥之兆，故有些积虑在心头，挥之不去，那刘伯温当年的预测又重新涌现在眼前，纠结不已，始终缭绕在朱元璋的心底之间。
就在这日深夜，满怀心事的朱元璋辗转反侧、难以入眠，正唉声叹气中，忽见张三丰飘落在床前，悠然前来见驾。朱元璋见之又惊又喜，一把拉着张三丰的手道：“师父从何而来，你真是让我寻找得好苦耶！”
可张三丰却是神情奇怪，既来看望他，却默立在龙榻前许久也不作答。朱元璋想了想，心中顿明白了原因，长叹了一声后，对他不无内疚地道：“我知恩师在怨恨我当初不听劝阻，行事不公，滥杀有功之臣。但还望恩师理解则个，为天下江山牢固计，难免要心狠手辣。这也是无奈之举。不过今想想也确实杀气太重，太滥，难免有些冤狱其中，这些日子以来我常后悔内疚也。还恳请恩师原谅我朱重八则个！”
张三丰闻言摇了摇头，口气甚是不客气地道：“什么为天下江山虑？说到底是为你朱家江山所虑！”看朱元璋低头无语，这才叹了口气道：“咳！事情都已过去了，此时多说也无益。说心里话今天我非是仅为你而来，而是你孙子朱允炆乃上界文曲星下凡，只是他宅心仁厚，为人太过宽厚，故奉太上老君之命特前来关照于他。你百年之后，朱允炆即帝位为建文皇帝是也。但不久后便有廷变之乱，恐要危及他性命也。”
朱元璋闻言不由大惊失色道：“果真是如我所担心那样，有夺位之事要发生，那还求师父出手保他江山则个，千万要救他性命才是！”
张三丰叹道：“唉！龙位易主，天数已定，非人力所能逆转。但建文帝性命之忧，三丰当尽力化解。但此事非同小可，千万不可走漏风声，你且附耳过来。”说着张三丰在朱元璋耳边悄悄说了一番话后，便如来时那样飘然不见踪影。
那朱元璋吓得心惊肉跳，大汗淋漓，手脚冰凉，尔后一直唉声叹气不止。至于张三丰在朱元璋耳边说了什么话？让他如此惊悚，惶恐不安，一夜睁眼到金鸡鸣啼。在此暂且不表，后来书中自有交代。
公元1398年的五月初夏。南京，勤政殿。
这一天的天气显得十分异常，只见南京城中的许多古树上有大群的乌鸦在盘旋低飞，“哇哇”地恬噪个不停，天空中乌云压顶，空气极为地沉闷，一声声闷雷在皇宫的勤政殿附近响个不住，眼看一场暴风骤雨即将来临。
明太祖朱元璋勉强坐在勤政殿的龙椅上，整个身体都是歪曲着缩成一团，大臣们在说着什么都听不清楚。他近来时不时感到身衰体竭，凡事力不从心，盖因岁月不饶人之外，乃操虑太甚所致。道曰：人禀天地阴阳五行之气以生，其性情善恶、富贵贫贱、寿天穷通，皆赋于未形之先，求之勿得，却之不能，一毫也与命拗扭不得。至于疾病痛苦，若能自己警省，樽节保养，这便是却病的良方。无奈世人七情六欲放纵无节，还有思虑过度、气不周畅，招至心结郁闷，皆是病侵入体之缘故，那怕是真龙天子也难幸免。就在朱元璋与张三丰分手的一个月后的这天，即明洪武三十一年（公元1398年），身心交瘁的朱元璋勉强和大臣们在殿中议事后，挥手退朝回到后宫，即觉得人有些疲倦不堪，便躺在床上想稍微休息一会儿，可谁知这一躺下，从此便再也没有醒过来，一朝开国皇帝就此魂飞魄散，驾鹤西归，终年七十一岁。
朱元璋在临死前已事先留下遗诏，告曰：
朕应受天命，在位三十一年，国家忧患时存于心，勤于政事不敢懈怠。皇太孙允炆仁厚明达，颇得民心，应继承大明皇位。朝廷内外文武百官俱要同心同德辅佐为是！望尔等莫负朕意！
同时朱元璋已经预感到他归天后，子孙们将有一场权力争斗，因此在事先的遗诏中又下了另一道先旨道：“命令各路诸侯与皇子们都不准擅离封地，更不准回京都奔丧吊唁”。
朱元璋驾崩后，皇太孙朱允炆继位大统，名正言顺地登上大明王朝的宝座，下旨封年号为建文，称为建文皇帝。受文武百官朝拜，山呼万岁！万岁！万万岁！翌日早朝，建文帝朱允炆便开始施政，实行新朝的一系列纲领政策。
在洪武年间，虽然经过明太祖朱元璋的精心整治，实现了国家统一，社会安定，经济得到了恢复和发展，吏治也较以前大为清明。然而由于朱元璋生性严酷，屡次兴起大狱，动辄杀戮，使得大臣们人人自危，知识分子更是充满恐惧。建文帝自继位伊始，就着手改革，改变了太祖朱元璋的一些弊政，取得了成功。后来被史称为“建文新政”。他有意结束其祖父尚武的政风，大力加强文官在国家政事中的作用。他将六部尚书升为正一品，大开科举考试，并下诏要求荐举优通文学之士，授之官职。正因如此，文臣们都对建文帝充满了好感。
此外，建文帝还力图改变明太祖朱元璋用刑过猛的作风，曾多次下诏全国行宽政、平反冤狱，使洪武时期的一些冤假错案得到了纠正，一批无辜的官吏得以恢复自由，被发配远方的人也得以回到家乡。不过让建文皇帝始终感到面临最严峻、最伤脑筋、最棘手的还是宗藩问题。
当初朱元璋为了保证朱姓天下的安定，先后分封了25个儿子为藩王，分镇全国各地。其本意是要以藩王来确保朱家江山，却没有想到却留下了拥兵自重、尾大不掉的宗藩问题。由于各地藩王的权势很重，都拥有自己的军队。朱允炆早就清醒地认识到宗藩实为国家的隐忧。面对各地藩王们拥兵自重、分踞一方的形势，建文皇帝忧心忡忡。他知道虽然自己贵为天子，但是以燕王朱棣为首的藩王多是自己的叔叔们，对他这个侄儿并不买账，正挟重兵虎视眈眈新朝政权，虽然自己是名正言顺的天子，但他们未必会把自己放在眼中。
建文皇帝朱允炆眼前始终闪现着这一幕令他刻骨铭心的情形，前不久会见燕王朱棣时，这位叔叔竟以手拍了拍他的后背，以开玩笑的口吻对他说：“不意侄儿乃有今日，可喜可贺！”那种看似贺喜，实为大不屑、大不敬的口气让他难以忍受，同时也让他后背直冒出一阵阵寒意。
不几日的一天上午，张三丰从武当山来至南京城，扮成一矮个儿的老翁，就如同那土地公公的模样形状，出现在皇宫东侧的户部门前闲步，侍卫见有闲人便数番前来驱赶，却怎么也赶不走，刚在东边赶走了他，瞬间在西边又见到了他。侍卫们正自恼火与奇怪间，却见他在户部大门右扉挥笔题对联一副云：
燕子将营垒，龙孙不在潭。
波平风又起，海上问三三。
侍卫们见了此况和此无头对联皆惊愕不解，更不敢擦拭去字迹，连忙抄下此联，并同所见报知朝廷。朝中百官们莫得其解，感到甚为蹊跷作怪，及至有几位到现场观察细研后，仍是茫然不解。更让人感到奇怪的是，这对联末了的“三”字写于双扉交关处，众人皆不解是何意？只有户部侍郎卓敬见之心中明白，禀奏建文帝道：“启奏圣上！依微臣大胆破解，这‘三’字写门中，乃是借门缝作‘丰’字一竖也。想来是张三丰仙翁来矣。而‘燕子’者，是指燕王朱棣，‘龙孙’者乃指建文皇上。看来其语显示殊凶，皇上当谨慎小心为是。”
朱允炆听了心惊且半信半疑，但联想起朱棣那日对他大屑不敬的情景，觉得卓敬的分析不无道理，宁信其有，不可信其无。于是思虑再三，终下决心要采取主动出击。秘召心腹大臣齐泰、黄子澄等人商议后，将削藩之策提前付诸实际行动，考虑到这项行动的艰巨和忌讳，便先易后难，首先准备对周王下手，依次废湘王、齐王、代王等，最后目标则是直指实力最强、野心最大的燕王朱棣。
燕王朱棣是明太祖朱元璋的第四个儿子，是二十几位藩王中最强最有实力的一个，当年他在北平就藩，在众多忠臣猛将的辅佐下，迅速成长为一位杰出的军事指挥家，并在对元朝的作战中取得了重大的胜利，自己的军事实力也得到了加强，在洪武末年已经成为北方最强的诸侯，且是众藩王中军功最大、战绩最多、最有谋略的一个，不得不令众皇子对他刮目相看。早在朱元璋册封朱允炆为皇太孙之时，朱棣感到大失所望，便心存反意。朱允炆当上皇帝后，朱棣一时无任何正当理由反对新帝，只好是表面上拥护建文帝而已。
毫无疑问，精明强干的燕王对建文帝的削藩意图是心知肚明，面对岌岌可危的形势，燕王朱棣没有坐以待毙，暗暗加快了反行动计划，他私下里抓紧招兵买马，扩充势力。並培养了一批敢死之士，挑选民间壮士充实自己的护卫军，收买江湖异人术士，以及武林高手为燕王府所用，蓄势待发，以待有朝一日时机来临，便夺取天下。但这些行动都进行得十分隐秘，为了不使在王宫里打造兵器的声音传到外面，颇有心计的朱棣在王宫后苑修建了一个很大的地下室，圈以高大的围墙，围墙下埋着上百只缸瓮，以防止声音传到外面；同时养了许多鸭鹅，用鸭鹅的叫声掩饰打造兵器和操练的声音。
不久，建文帝从锦衣卫的秘报中得知了燕王的欲反行迹，愈发感到自己並非是乱猜忌朱棣谋反之心，看来必须加快采取制裁行动。而朱棣也侦探到了侄儿的的举动，但由于自己还没有充分准备好反朝的方方面面，于是朱棣决定冒着生命的危险，亲自去南京向朱允炆请示北方诸事，借以缓和气氛，争取时间。
他在建文帝面前以示弱听命，甚至装疯卖傻来迷惑建文皇帝。朱棣的装傻充愣，到底迷惑住了建文帝。因考虑到当时北方与邻国的紧张局势，建文帝放缓了对燕王朱棣的削藩行动。这让朱棣争取到了宝贵的时间，终于酿成了后患。
南京面见建文皇帝示弱后不久，燕王朱棣终于一切准备就绪，于建文元年（公元1399年）七月，在燕京城郊举兵起事，但出师的名目是清君侧，矛头指向齐泰，黄子澄等朝中几位大臣，罪名是扰乱圣听，破坏朝纲。
这盖因于当时南京中央政权兵力强盛，加之恐天下所指，朱棣一时不敢明目张胆地把矛头直接指向建文皇帝。他以明太祖朱元璋在《皇朝祖训》中所说：“朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君侧”为举兵起事的理由，发起“靖难之役”，亲率十万大兵由燕京向京都浩浩荡荡进军。
燕王朱棣的军队平日训练有素，加之常年在边关与鞑虏交兵打仗，作战经验十分丰富，勇猛善战，攻无不克。起兵后以旋风般的速度一路上攻城夺地，势无阻挡，不到一个月内便攻取了北平以北的居庸关、怀来、密云和以东的蓟州、遵化、永平等州县。八月中旬，又突袭南京朝廷前来的问罪之师，一举大败朱允炆朝廷的主力部队。虽然其中也有几战因燕军屡胜轻敌被南军大败过，但燕王朱棣善于总结经验教训，严令部队今后不能轻敌，不能逐却，要奋不顾身，不惧生死。仅仅通过短短时间的整训，战斗力便大增，反使燕军更加戒骄善战。
建文四年（公元1402年）2月，朱棣的燕军主力进入山东境内，绕过守卫严密的济南，破东阿、邹县、直至沛县、徐州；四月中旬进抵宿州，与朝廷前来讨伐的南京军队大战于齐眉山。相持于淝河有一段时间后，朱棣亲率大军打破僵局，渡过淮水，继而攻下扬州、高邮、通州、泰州等地。
次年元月初，燕王军队自瓜州渡江，很快就进抵金川门，朱棣大军兵临京都城下。建文帝知道难以相抗燕军，破城后百姓定要遭殃，血流成河，曾想以割地分南北朝为条件同燕王议和，被燕王朱棣坚决拒绝。
此时守卫金川门的李景隆是个遇弱则强、遇强则弱、色厉内荏的家伙，军事上全无一点谋划才能，若考他本身武艺，还够不上三等卫兵之列，他全靠祖上当官而沾光，素不知兵的纨绔子弟荫袭了个侯爵，整日里只知道饮酒食肉，广置姬妾优童，日夜淫乐，享尽荣华富贵。平时在朝中能说会道，刚愎自用，在众人面前好似极有本事之人，真正有事来时就巧于躲避，露出了酒囊饭袋的真面目。这种人又岂能胜任将帅之任？说来也怪建文皇帝不会用人，平日总被那些庸官所迷惑，误任他领兵伐燕大权。当下李景隆见燕王势大来攻，难以抵抗，贪生怕死的他未作抵抗便开门迎降，燕军得以轻易进入南京城。
雄才大略、彼有心计的朱棣占领南京后，立即发告示四处出榜安民，严令军队不许骚扰百姓，不许胡作非为，慌乱的京城不久很快地恢复了正常秩序。朱棣留下部分军队守城维护安定，自己则率领主力部队撤出京都，回到龙潭安营扎寨。原建文帝朝中的文武百官知大势已去，以兵部尚书卢瑺为首的一帮势利官员，卖主求荣，也先后赶到龙潭，他们一个个下跪叩头礼拜，再三请求燕王朱棣当大任，登基即位皇帝大统。
朱棣心中窃喜，众人的请求正中他下怀，但他却作出为难的神情道：“本王起兵发难，乃不得以兴军解祸，为的是清除奸臣，安定朝廷社稷。不想少主与一些大臣不察我之忠心，以至自绝于天，不幸失身于大火之中，实是令人痛心疾首。只是现在洪业需待继承，国不可一日无君，理应选才德兼备的亲王承当。而我燕王才能浅陋，难负兴国之重任。”
卢瑺心中有数，知朱棣是在假意虚辞，便代表大臣们顿首道：“建文遇难，天下不可一日无君。燕王殿下乃太祖皇帝亲嫡，且德冠群伦，功在社稷，理应正天子之位，使太祖创立的万世伟业，永有所托，社稷有望。”
朱棣听了只是摇头长叹，众大臣们再三劝进，朱棣仍故作姿态只是不允。众人只好回去。次日，南京诸将又以李景隆为首，来到龙潭劝进，朱棣仍不允。第三日诸亲王十余人相约来到龙潭，皆纷纷劝言道：“咱们弟兄26人，大哥朱标、二哥朱樉、三哥朱棢都以先后下世了，根据大明朝择长不择幼的律法，只有你这位四哥，便是最年长的长兄，即大位乃是顺理成章，名正言顺的事，你若不当大位，哪个弟弟们敢僣位呢？”
这一切皆在燕王朱棣的掌控中，直到这时他知时机成熟，才假惺惺地作无可奈何状，含泪点头答应即位明朝皇帝大统。在诸位亲王们和群臣的拥戴下。燕王朱棣如愿登上了大明皇帝龙座，是为明成祖，改年号为永乐。
由此，“靖难之役”以清君侧为名起兵，以燕王朱棣的最后胜利而告终。