1874年，日本出兵侵略我国台湾。

清政府任命沈葆桢为钦差大臣，渡台处理日本侵台事件。6月4日，沈葆桢带着船政学堂学生和水兵7000人，分乘3艘轮船向台湾进发。严复作为“扬武”舰的水手，随舰前往。

这是他第一次实战从军。因为通晓测量计算，他参与了勘测海口，并将有关情况测绘成图。严复还根据自己的实地测绘写了一份调查报告。沈葆桢根据严复写的报告上奏朝廷。

此次对抗，沈葆桢采取“兵临城下、围而不打”的战略，他可以调动沿海所有船舰，还可以调动湘军和淮军。在他的指挥下，清军增加到了将近10000人，让兵力只有三千多名的日军士气大落。还有一个情况是，当时台湾出现了瘟疫，日军中有很多人都染病了，于是他们每天哭着喊着要回国。日本侵略者一看在台湾捞不到什么便宜，只好乖乖回国了。

在台湾的时候，严复还用他的机智救人一命。

当时，和他们一起去台湾的有个叫好博逊的英国人。有一天，好博逊正在睡觉，一个台湾土著民突然闯了进来。因为没有见过欧洲人，这个台湾土著民围着好博逊左看看右看看。可怜的好博逊还在呼呼大睡，完全不知道危险已经来到了身边。就在这时候，严复恰好路过看见了，可是他也不懂怎么和台湾土著民沟通，万一惹急了不仅救不了好博逊还要害了他。严复没有慌，他急中生智，赶紧找了一个本地人过来，解释了一番，台湾土著民才带着他的长茅，讪讪离去。

日军撤走后，威胁解除了，不久，沈葆桢也带着他的舰队，从台湾回到福州。