郑成功一旦举旗抗清，戎马倥偬，劳于王事，再也无暇读书，所有精力与心血，几乎全部花在了治军征战上。
起事之初，郑成功不懂打仗，只能在实践中学习军事。郑芝龙降清后，郑成功虽是他的长子，是宗法社会理所当然的继承人，却没有力量完全继承父亲地位，郑芝龙属下的兵力分别由郑成功叔父郑鸿逵及郑成功族兄弟郑彩、郑联所拥有。郑成功掌控的兵力十分有限，不过几千名从广东南澳招来的兵员，占据的地盘更是狭小局促，只能在鼓浪屿、海澄一带海域活动。
如果没有足够的军事力量，反清复明不过是一句停留在口头的空话。因此，郑成功不得不作出一次重大的决定，想方设法将父亲手下的兵力控制在自己手中。谁也不愿放弃既得权力与利益，为了实现心中的愿望与理想，郑成功不得不向自己的族兄弟郑彩、郑联开刀，设计兼并他们的军队。其时，郑彩、郑联驻军厦门，这是一个四面环海、面积128平方公里的孤岛。郑成功虽然占有依傍于厦门岛旁的鼓浪屿，但该岛面积不到两平方公里，回旋的余地实在有限。而一旦拥有厦门，不仅延缓、阻隔不善水战的清军进攻，还可以作为一处理想的反清复明基地。只要除掉郑彩、郑联，郑成功就能够名正言顺地以郑芝龙长子身份向这些驻厦部队发号施令。可是，郑彩、郑联毕竟是他的表兄弟，他们之间，不仅有着共同的血缘关系，前不久，还曾在一起联合抗清，有过愉快的合作。郑成功于心不忍，实在是下不了手。
然而，如果长期迟疑不决、错失良机，他的那些誓言与理想，只能是一些空话与梦想。怎么办？这是一种没有选择的选择！郑成功只得硬着心肠、强忍痛苦，趁郑彩外出远行之际，亲选500名健卒，设计杀死郑联。当部下拿着割掉的郑联首级前来报告时，郑成功捶胸顿足，悲声痛哭道：“谁杀吾兄？不共戴天！”是掩人耳目，还是真情流露？包括他自己，谁又能说得十分清楚呢？二者也许兼而有之吧。此后的一切，按预先的设计与安排有条不紊地进行，郑成功占据了厦门，接收了郑彩、郑联十倍于己的兵力，得到了一大批舰船物质。
谋杀族兄的愧疚，虽然被收获与喜悦暂时冲淡，但冷酷残忍与温柔亲情，将是他心中一个无法解开的结，一个永难消解的痛。
直到1651年，叔父郑鸿逵因犯过失主动交出所属船只兵将及金门地盘，郑成功这才接收、控制了父亲郑芝龙降清后留下的所有“遗产”。
拥有了金门、厦门这两处稳固的抗清基地，郑成功便开始拓展地盘，补充兵源，扩大粮饷供应，在闽、粤及江浙沿海地区频频出击，与清军展开了旷日持久的争夺战与拉锯战。在一系列战斗中，他的卓越才华日渐显露，坚强的斗志、优秀的操守、严明的执法更是受到人们的敬佩，威望和信誉与日俱增。
尽管打了不少胜仗，收复了一些地盘，获得了不少新的兵员与粮饷，但郑成功并不满足于这样的“小打小闹”，他心中念系着的，是驱除满清势力，恢复明朝故土。因此，他一直谋划、准备着一件惊天动地的壮举，那就是北伐南京，定鼎中原，驱逐满清。
前三次筹备因故搁浅，直到1658年，郑成功第四次挥师北上，这才蔚为壮观，形成一股震慑清廷、鼓舞民众的巨大力量。
这年春天，郑成功亲率8000艘战船，20万水师步骑，号称80万大军北伐。但见舟师齐发，旌旗蔽日，浩浩荡荡，好不威风。明朝遗民对郑成功的军队望眼欲穿，对这次北伐寄予极大的期望，真可谓箪食壶浆，以迎大军。
郑军一路行来，奋勇鏖战，出舟山，攻瓜州，克镇江，直捣南京。
郑成功兵临南京城下，肯定想到了当年黯然神伤的离别。一晃14年过去了，他已由当年血气方刚、稚气未干的青年儒生，成为一名威震天下、统领大兵的武将。望着那即将踏破的城墙，郑成功不由得意气风发地挥毫写道：“缟素临江誓灭胡，雄师十万气吞吴。试看天堑投鞭处，不信中原不姓朱。”
是的，郑成功多么希望此次北征能够收复南京，跨越长江，打到北京，一鼓作气完成抗清复明的宏伟大业啊！令人扼腕的是，自14年前那次离开后，他终于未能再次步入南京城内。第四次北伐前后不过一个月，便以彻底失败而告终。
检讨失败的原因固然多多，比如郑军北伐路线，与后来英军在鸦片战争时侵犯南京几乎完全一致，但英军至镇江后留兵驻守，断绝运河交通，将清朝切成两段，北京之兵不能南下，江南漕运不能北上，清廷不得不屈志求和，签订中国历史上第一个不平等条约——《南京和约》。而郑成功却犯了操之过急、轻易冒进、直抵金陵的大忌，未在镇江布兵设防；比如郑成功围困南京后轻信敌兵的假投降信，没有从速攻城，结果坐失良机；再比如郑成功陶醉于暂时的胜利，疏于军事，将主要精力放在拜谒明孝陵，准备庆贺35岁诞辰之事上；还比如郑成功放松警惕，大敌当前，郑军却以饮酒捕鱼为乐，让清兵钻了空子……不错，这些都是郑成功第四次北伐的“致命伤”，但后人在分析反省、检讨总结时，全都忽略了一个大的前提，那就是清军不仅势力过于强大，远远超出郑军，并且作为少数民族入主中原的朝廷，那种新型的机制、高速的效率、强劲的活力更是远非腐朽、堕落、衰败的朱明政权所能比拟。
1645年明朝南都沦陷后，抗清主力唯有东南的郑成功与西南的李定国互成犄角，海陆呼应。随着清廷将主要军事力量投入西南战场，李定国连连败北每况愈下，郑成功仅凭东南之隅的一己之力，实难独撑整个抗清局面。日益危机的形势于郑成功而言，可供采取的战略方针无非两种：一是固守金厦，凭借海上优势抵御清军进犯；二是乘清军未将主力全部投入东南之际，集中全部力量主动发起进攻。前者有被动挨打、坐以待毙之虑；后者呢，则有孤注一掷之嫌；二者皆非上策，但又没有第三条道路可供选择。况且无论采取何种策略，最后都免不了要与清军决一雌雄。
作为一面高举着的反清复明大旗，郑成功毅然选择了主动进击、倾师北伐之策。他的北伐壮举确实起到了震慑清廷的巨大效果，据说年幼的顺治帝受到郑成功围攻南京消息的惊吓，准备将都城从北京撤回盛京（今沈阳）。在皇太后的训斥与激励下，才稳住阵脚，拔剑大呼御驾亲征。
但也仅止于此，即使郑成功占领南京，就当时的情势而言，也难有更大作为。郑成功孤军远征，没有后续部队接应，而清军据有辽阔的疆域与雄厚的资源，可调动各地军力围剿。关键的一条，就是军心的向背。郑成功第四次北伐途中的几次重大战役，其作战对象并非正儿八经的满清铁骑，大多都是汉人投降后效命的伪清军。仅以人口而计，满清只有汉人的1%，却能在极短的时间内挥师南下，招降纳叛，攻无不克，远非“天命”二字所能涵盖，其中有着许许多多的内在因素。
透过满汉民族之争的表面，清军入关后发动的无数次惨烈战争，大多为汉人与汉人之间的相互残杀。汉人降清，多如过江之卿。不讲信义的武人降清，而以忠孝信义标榜的文人也一个个“心悦诚服”地供清廷驱驰，招抚南方总督军务大学士洪承畴是文人，为清廷献计献策的大学者钱谦益更是郑成功的老师。
就拿清人征服福建、台湾而言，说到底，也属闽人之间的内争。清军攻克福建，背后便站着一个一手举屠刀、一手拿诏书的原明重臣、福建南安人洪承畴。洪承畴降清入关、总督南征军务后，采取恩威并重之策，对乡人故旧先是招降，招降不成，便以屠刀相见，正是他杀死了高举抗清义旗的大学士、62岁的福建漳浦人黄道周。此后清军攻克台湾，更是叛将施琅一手促成，而施琅原为郑成功部下，乃福建晋江人也。
两相比较，郑成功在我们眼里也就显得更其高大而伟岸！
南京之败，是郑成功举旗抗清以来规模最大的一次失败，损失了甘辉、张英、陈魁等优秀将领，兵员骤减，士气衰落，不得不引军南返。
出兵前踌躇满志、志在必得的郑成功怎么也接受不了兵败溃退的严酷事实，好几次拔出佩剑，想以自刎的方式告慰那些死去的英灵。幸而部下及时劝阻，才放弃了自杀之念，决心重整旗鼓，继续抗清：“胜败乃兵家之常事，亦何虑哉！”
清军一路跟踪追击，顺治十七年（1660年）三月，安南将军达素到达泉州前线，会同总督李率泰、提督马得功及郑军的两员叛将黄梧、施琅，准备向厦门、金门发动大规模进攻，郑成功又不得不面临一场生死存亡的大决战。
郑军兵败南京后，清廷严厉清查迎降附郑的州县军民，株连被杀者不计其数，江南士民的复明之心，从此黯淡泯灭。郑成功在退出长江口时，想攻占崇明岛作为日后再度北伐的军事大本营，多次猛攻都未成功。退守金门、厦门岛后，局势更是危如累卵，除了自保，一时间也难以大有作为。郑成功的内心深处，也肯定清醒地认识到了反清复明的无望，不由得悲痛万分地吟诗一首：“故国山河在，孝陵秋草深。寒云自来去，遥望更伤心。”然而，作为一名真正吸收了儒家精华的将领，明知其不可为，却又不得不勉力为之，“王气中原尽，衣冠海外留。雄图终未已，日夕整戈矛。”正是这种锲而不舍、锐意进取、顽强拼搏的奋斗精神，才有此后收复台湾的伟大壮举。
清军集中水陆精锐，气势汹汹逼来，企图一举攻占厦门，消灭郑军主力。郑军作为一支长期以大海为活动舞台的海上武装集团，充分发挥优势，利用熟悉水情、地理等有利条件，打了一个自南京败退之后的翻身仗，取得厦门大捷，粉粹了清军覆灭郑军的妄想。
此役虽然获胜，但以金、厦两地的有限之地，如若再次打败清军更大规模的进犯，将十分困难。而欲图恢复大业，仅仅偏安于弹丸小岛，更是难上加难。郑成功的目光，不得不跳出金、厦，实行抗清战略大转移。
就在这时，福建南安人、原郑芝龙部下、现台湾通事何斌拜见郑成功，向他献上一份自己暗中测量、绘制的台湾沿海地形图。
何斌献过地图，又不适时机地说道：“国姓爷如挥师东渡，驱逐红夷，则十年生聚，十年教养，国可富，兵可强，进可攻，退可守，足可大有作为。”
何斌之言，正中郑成功下怀。自古就属中华领土的宝岛台湾已被荷兰殖民者侵占38年之久，富有远见卓识的郑成功早有拯救台湾同胞，在那里建立抗清基地的打算，只是条件不够成熟，这一宏愿长期埋在心底。有了沿海地形图，港湾、航道、潮汐、要塞历历在目，加之何斌对荷军的兵力、兵器、兵船部署等情况了如指掌，郑成功不仅可以顺利抵达台湾，更可知己知彼及时投入战场，先发制人，打败荷兰侵略军。
顺治十八年（1661年）三月一日，郑成功亲率文武官员、将士在金门料罗海滨祭江，正式誓师，东征台湾。