正当李贽出走麻城，辗转河南商城黄蘖山中避祸时，曾任过知县、御史的马经伦闻讯，不顾数千里之遥，冒雪从北京通州（今北京通县）赶到黄蘖山中陪侍。

马经伦为人正直，常仗义执言，好打抱不平，任御史时因胆敢抗疏当朝皇帝神宗而被贬为一介平民。李贽的悲惨遭遇使他感到愤怒与同情，不由得主动南下黄蘖山，与李贽一同研习《周易》，还写了一篇文锋犀利的《与当道书》为李贽辩护。

等到来年二月春暖，马经伦索性将李贽接到北京通州自己家中居住。

尽管封建统治黑暗，尽管专制思想麻痹并左右着人们的意识，尽管道学家为维护所谓的正统理学不择手段大打出手，却总有一群真知卓见者、不畏强权者、公正无私者，以一己微薄之力与当权者、当道者拼力抗衡。一方面是虚伪，是攻诘，是迫害；另一方面则是真诚，是推崇，是保护，两相比较，后者的良知、识见与高尚更其凸显。李贽的价值在当时已为许多有识之士推崇，视李贽为“真人”，并予以实质性帮助，除马经伦外，重要的人物还有湖广布政使刘东星、大同巡抚梅国桢等。

李贽寓居通州时，年已七十五六，身体日衰，预感来日不多，不由得写了一篇《遗言》，详述死后安葬之事，并流露出自己一生坎坷，受尽诽谤与迫害，希望能够平平安安地了此一生。

然而，他的这一愿望最终没能实现！

他在马经伦家安居写作，自以为平安无事，没想到统治者却放不下他，主动找上“门”来了。

李贽一到通州，就在北京城的道学家中引起了一阵恐慌。他们担心李贽思想广泛流布，担心他的新作又将“妖言惑众”，担心他闯入京城“扰乱治安”。一时间，关于李贽的流言“狼烟四起”，闹得京城人心惶惶。不久，礼科给事中张问达终于走上“前台”，上疏劾奏李贽，说他“狂诞悖逆”、“惑乱人心”，将“明劫人财”、“强搂人妇”、“勾引士人妻女”等不实之词一古脑地堆在他的头上，其落脚点就在于要对李贽严惩不贷。

已有20年不理朝政的神宗皇帝朱翊钧见到奏折，竟异乎寻常地来了精神，以前所未有的“工作效率”当即作出批示：“李贽敢倡乱道，惑世诬民，便令卫五城严拿治罪。其书籍已刊未刊者，令所在官司尽搜烧毁，不许存留……”

一声令下，李贽被打入牢狱，所有著作悉数烧毁。李贽取《焚书》、《藏书》作为书名，便有“焚烧之书”、“藏匿之书”之意，对封建统治者，他没有过多幻想；对自己著作的命运，似乎早有预见。然而，只要是传播真理的好书，是焚烧不尽、难以深藏的。李贽所有已刊未刊之书虽一时遭受焚烧、销毁之厄运，其后反而越刻越多，越传越广，流布海外，便是有力的明证。

李贽入狱后，除走过场式地审讯一次外，便将他长期羁押狱中，不管不问了。

李贽捕前已卧病三月，入狱后仍处于昏迷状态，此后更是百病缠身。就在这样的处境中，他还不忘赋诗，写下《系中八绝》。一位70多岁的老人，尚能保持如此旺盛的精力与斗志，确属不易。其实，李贽真正人生之始，他的最辉煌时期，正是隐居麻城龙潭之时，而此时，他已是60花甲之人了。一般来说，年纪一大，就意志衰退，思想保守，免不了抱着颐养天年的心态打发残日。而李贽却老当益壮，老来弥坚，越老越有风采，仅凭此点，就可见出李贽对庸常之辈的超越。有人说李贽的悲剧就在于他活得太长，否则，就不会有那么多的曲折磨难与攻诘诽谤了。当然，他的成功与贡献也在于活得太久，如果早逝，中华民族古老历史的灿烂星空，当失却一颗极其耀眼的星辰。

关于李贽的惩罚，张问达在疏劾中希望将他解发原籍治罪，而这时，又传出朝廷将李贽递解回泉州的消息。李贽曾多次表示怕回老家，听到这样的传言，不由得说道：“我年七十有六，作客平生，死耳，何以归为？”

泉州，是李贽的养育之地，是他生命的血脉所在，落叶归根，乃人之常情也，为何只要一提回家，李贽就会产生一种本能的恐悚与惧怕呢？

其实，李贽对故乡泉州有着一种内在而深沉的感情，他之怕回泉州，缘由主要有三：一、对故乡浓厚而窒息的理学氛围大为反感。当时的泉州，已成为封建理学重镇，对儒教宣传尤其得力，对道学家朱熹顶礼膜拜，对孔庙不断维修扩建，李贽所处时代，是泉州府历史上修建孔庙最为频繁的时期；二、不愿受到管束。回到家乡，会受到多重有形无形的束缚，有官府管治，有乡法约束，有族规限制，还有一大堆所谓的责任与义务不请自来缠绕于身。想想看，如果呆在泉州，李贽能像隐居麻城那样我行我素、自由自在、安心著述吗？三、拼力抗争。如果说此前不愿回泉州是出于上述两种因素，那么后来当道者将回乡作为对他的一种驱逐与惩罚，就更令他产生逆反心理，竭力抗争，宁死不归了。

于是，我不由得推导出如下结论，离开泉州是李贽的幸运，离开泉州成就了李贽的伟大。如果一辈子呆在泉州，或者辞官后没有隐居黄安、出家麻城，而是与夫人、女儿、女婿一道返回故乡泉州颐养天年，李贽将是一个极其平庸的李贽。就他个人而言，自然是少了坎坷与磨难，而于中华民族而言，则是一大无法估量的损失。福建简称闽，“闽”由“门”与“虫”二字组成。福建人常言，呆在家里是条虫，走出福建就是一条龙。闽人此等言说，看来同样适于李贽。

陷于两难境地且早将生死置之度外的李贽，觉得唯有自己了断，才会得到一个体面的结局。

他在等待、寻找可乘之机。

机会终于来了，结局却是那样地悲惨。万历三十年（1602年）农历三月十五日，李贽趁侍者为他剃发的机会，一把夺过剃刀，奋力割向自己的咽喉。喉管顿时断裂，血如泉涌，而气息尚存。侍者问他：“痛否？”李贽喉咙嘎嘎作响，话不成声，便以手蘸血，书写作答：“不痛。”侍者再问：“为何要自杀？”李贽颤颤抖抖、一笔一划地写道：“七十老翁何所求？”又拖了一天多时间，直到三月十六日夜半，李贽才在狱中最后合上了痛苦的双眼。

天下之大，竟容不下一位行将就木的老人！李贽就这样被封建统治者迫害而亡，成为中国历史上以学术而获罪致死的独一无二的伟大思想家。

友人们遵照李贽遗言，将其遗体收葬在通州北门外马氏庄迎福寺旁，墓前立一块一丈有余的高大石碑，正面刻有挚友焦竑题写的“李卓吾先生墓”几个大字。