自古以来，自然界的风雨、雷电对人们的生产和生活影响巨大。古人对喜怒无常的风雨、雷电长期怀有一种神秘和敬畏的心情。他们很早就编造出风师、雨伯、雷公、电母等神灵加以奉祀。《闽都别记》在第3、5、52、53、202、255、339等章回，多处提到雷电诸神，如第5回青娘曰：“女儿与周生当天结拜为兄妹了，今又为夫妻，雷公击之。”这些都反映了当时民众对雷电诸自然神灵的崇拜习俗。古代福建各县都建有风雨雷电坛庙，官方每年春秋二季要例行祭祀，以求全境风调雨顺。福建地处东南沿海，经常遭受台风暴雨的侵袭，人民的生命安全和农业生产等深受影响。因此旧时民间对风神的崇拜十分虔诚，许多州县都建有风神庙。《闽杂记•飓母》说：“今闽中滨海诸处皆有风神庙，塑像多作老媪。”宋元时期，泉州港海外贸易繁荣，为使远航的海船一帆风顺，官方还经常组织人马到南安九日山延福寺等处举行隆重的祈风仪式。九日山上至今还保存的13方宋代祈风石刻，千百年来默默地向后人诉说当年这里的祈风盛况。福建各地民间普遍相信雷公能代天执法行刑，击杀有罪不孝之人，因此民间赌咒发誓时往往有“不然要遭电劈五雷轰”之语。《闽都别记》第255回描述柳七娘为申冤情，设醮坛、上刀梯，念咒请疏，以血表向天陈情。此后引来迅雷霹雳，惊天动地，最后终于迫使两个谋妻杀夫的罪人伏地认罪。这些内容与民间流传的相关习俗是完全吻合的。漳、泉等地民间以雷公为鸡头人身，手臂还有两翼，两手执金锤，形象威严可畏。闽南安溪等地民间的雷神崇拜在近代仍然流行，当地民间认为，六月二十四日是雷公诞，其时农家祀之最多。

绵延不绝的高山和湍流不息的江河，在远古时期就被古人列为崇拜对象。几千年来，福建民间的山川神灵崇拜流传久远，影响巨大。《史记•封禅书》记载汉武帝时期，曾令越巫以干鱼祭祀武夷君，武夷君实际上就是武夷山的山神。古代各地官府都设山川社稷之坛，春秋二祭，福建亦然。山神崇拜习俗在各地民间也由来已久，流传广泛。除了武夷山山神外，闽东的太姥山之神等，也历史悠久，名声远扬。《闽都别记》在第17回详细描述了正使周启文专程到霞浦和福鼎，供祭品、献帛、宣读祭文，祭祀霍童山和太姥山山神的情景。旧时许多地方的民众，往往多在自己生活和劳作的山上建立山神庙，每年定期举行祭祀，祈求山神保佑上山作业安全或免遭野兽伤害。山神崇拜习俗至今仍盛行于一些山区。

明清前后，福建各地植物神灵崇拜并不少见。《闽都别记》在第37、72、255、315等章回中，多次提到有关树神、树精的故事。如第37回描述榕树神能够回答人的问话、第72回谈到生长八、九百年的榕树会成精害人的故事，等等。民俗资料表明，明清前后，光泽、古田、福州、霞浦、厦门、长汀等地普遍流传树神崇拜的习俗。如明代《玉田识略》卷3载：“闽古田有乔松，松下祠神曰林九姑……祷者云集，灵应如响。”施鸿保《闽杂记》卷5，光泽樟树神条载：“光泽县署大堂庭中左右两樟树，皆数百年植也。平时鸟雀不集，唯官清廉则有两白鹤来巢伏子。官将去任，则先数日携其雏去。据老吏言，道光时唯郭兆荣任中见之。”清光绪《长汀县志》卷33，柏树神条载：“福建汀州试院堂前有二古柏，唐物也，云有神。”民国《漳浦县志》卷21，榕树王庙条载：“榕树王庙，在县署川堂后西，偏发逆陷城，县印藏于榕树上，前令英峻祝之，克复后印果在，塑像建庙焉。”

福建各地民间称各种树神为“樟公”、“老榕公”“众公妈”等，平时有事或逢其生日，民间都要举行各种祭祀活动，或烧香供祭，或立庙塑像供人祈拜。福州自古盛产榕树，故称“榕城”，榕树神崇拜在当地更为常见。不少榕树盘根错结，根须垂地，给人以老态龙钟的神秘感，有些民间因此传说榕树历千年会成精，或说榕树是神仙落脚的好去处，故往往在榕树上设一小神龛或在树下盖一小庙，按时祭拜。至今在福州等地的一些老榕树下，仍不时可见民众烧香祭拜的痕迹。民间认为古榕多有神灵，人们必须敬重之，如在树下小便等，往往会招来灾祸。每逢榕树生日，民众就齐集树下，烧香祭拜。福建许多地方民间认为樟树有神，其神可以庇护百姓，禳灾驱祸。施鸿保《闽杂记》所说的光泽县署大堂两侧的两棵古樟树，就曾被奉为神树，称为“樟公”。该樟树下原有一小庙，中置神像，香火旺盛。当地民间至今崇祀之风不减。德化县美湖乡小湖村有一棵千年古樟，树高28米，树围16米。称为“樟树王”。当地群众亦奉为神树，经常有人在树下烧香祭拜。同安县新圩镇后坡黄氏宗祠旁有两棵古樟，当地人称为“樟公”。据说农历九月十一日为樟公生日，乡人往往设宴请客，热闹非凡。当地一年有三次普渡，此占其一。

福建许多民间俗信，小孩五行缺木或难养者，要拜古树为义父母，因此民间不少人往往让小孩拜大树为干爹、干娘，成为契子。民间认为这样可以消灾避难，保证小孩平安生长。如古田的林九姑树神，契子就为数众多。每逢年节，在树下烧香祭拜者不乏其人。各地民间崇祀树神亦有一些禁忌，如忌在树下大小便等。如果无意间触犯了树神，要给树神上供烧香，赔礼致歉。在山区，在大批砍伐山林的第一天，砍伐者往往要烧香祭拜，祷告树神保佑。砍伐杉木做棺材时，砍伐者要抓三把盐米撒向被选中的树木，然后才动手砍伐。否则，俗信会中恶煞，重者丧命，轻者受伤。